Editöre Mektup Konu: Polimorfik X’e Bağlı Lokusların Olgu Kontrol Çalışmalarında Allel Frekansları Nasıl Tahmin Edilir ve İstatistiksel Karşılaştırmalar Nasıl Yapılır?

Sayın Editör,

Yaylacıoğlu Tuncay ve ark.’nın¹ yakın zamanda Türk Oftalmoloji Dergisi’nde yayımlanan “Oftalmopati Eşlik Eden ve Etmeyen Graves Hastalığında FOXP3 Polimorfizmlerinin Türk Popülasyonundaki Rolü” başlıklı makalesini büyük bir ilgiyle okudum. Yazarlar, oftalmopati görülen veya görülmeyen Graves hastalarını ve Graves hastaları ve kontrolleri üç FOXP3 polimorfizmi (rs3761549, rs3761548 ile rs3761547) açısından karşılaştırmıştır.

Yazarların belirttiği gibi, forkhead box P3 (FOXP3, MIM: 300292) geninin insan kromozomu Xp11.23’de yer aldığı bilinmektedir. Erkeklerin ve kadınların sırasıyla bir ve iki X kromozomuna sahip olduğu göz önüne alındığında, genotipik paternler iki cinsiyet için oldukça farklıdır. Kadınların üç genotipi varken (iki homozigot ve bir heterozigot ) ve erkeklerin sadece iki hemizigot genotipi bulunmaktadır. Bu nedenle cinsiyet gruplarının genotiplerini bir araya getirmek imkansızdır. Ne yazık ki, yazarlar her iki cinsiyetin genotiplerini bir araya getirerek önemli bir hata yapmışlardır. Bu nokta tarafımdan daha önce tartışılmıştır.² Ancak, aşağıdaki noktaları açıklamanın gerekli olduğunu düşünüyorum: 1) Allel frekanslarını nasıl tahmin etmeliyiz? ve 2) bu tür lokuslarda olgu-kontrol çalışmalarında istatistiksel karşılaştırmaları nasıl yapmalıyız?

Genetik İlişkilendirme Çalışma Raporlarının Güçlendirilmesi (“STrengthening the REporting of Genetic Association studies”) yönergesine göre, genetik ilişkilendirme çalışmalarında, araştırmacılar Hardy-Weinberg dengesine (HWD) dayanarak gözlemlenen ve beklenen genotipik değerleri karşılaştırmalıdır.³

X’e bağlı bir polimorfik lokusta iki A₁ ve A₂ allel olduğunu varsayalım. Kadınlarda A₁A₁, A₁A₂ ve A₂A₂ genotiplerinin frekansları sırasıyla “a”, “b” ve “c” ve erkeklerde A₁ ve A₂ hemizigot genotiplerinin frekansları “d” ve “e” ise allel frekansı sayma yöntemi ile hesaplanabilir. Kadın ve erkek sayısı sırasıyla n₁ (=a+b+c) ve n₂ (=d+e)’ye eşittir. A₁ ve A₂ allel frekansları sırasıyla p ve q ile gösterilir ve aşağıdaki formüller kullanılarak tahmin edilir:

p=(2a+b+d)/(2n₁+n₂)

q=(b+2c+e)/(2n₁+n₂)

Daha sonra, kadın örneklerinde tahmin edilen p ve q kullanılarak hesaplanan A₁A₁, A₁A₂, ve A₂A₂ genotipleri için beklenen değerler sırasıyla p2, 2pq ve q2’ye eşit olur. Son olarak, genotipler için gözlemlenen ve beklenen değerler ki-kare testi kullanılarak karşılaştırılmalıdır. Serbestlik derecesi 1’dir.

Cinsiyetler arasında X kromozomlarının sayısı farklılık gösterdiğinden, olguları kontrollerle karşılaştırmak için (olgu-kontrol çalışmalarında) katılımcılar cinsiyete göre sınıflandırılmalıdır. Bununla birlikte, allelik frekans yukarıda açıklanan şekilde tahmin edildiğinde, cinsiyetten bağımsız olarak tüm olgu ve kontroller arasında allelik frekansları (genotipik frekansları değil) karşılaştırmak mümkündür.

Yaylacıoğlu Tuncay ve ark.’nın¹ çalışmasına her iki cinsiyetten bireylerin dahil edildiği göz önüne alındığında, bildirilen sonuçların dikkatle yorumlanması gerekir. Yazarların, her polimorfizmin genotipleri hakkındaki verilerini cinsiyete göre sunmaları ve yukarıda belirtilen önemli noktaları ele alarak verilerini yeniden analiz etmeleri önerilir. Daha önce bildirildiği üzere,^{3, 4, 5} araştırmacılar ayrıca gözlemlenen genotiplerin frekanslarının HWD’ye göre beklenen frekanslarından anlamlı düzeyde farklı olmadığını göstermelidir. Değerli yazarlara araştırmalarında başarılar diliyorum.